A limpeza profunda interrompe a progressão da doença periodontal, evita a deterioração do osso e do tecido que sustenta os dentes e estimula o crescimento das gengivas. Uma limpeza profunda não é o mesmo que uma limpeza dentária de rotina e só é benéfica para pacientes com doença gengival ou placa que foi detectada abaixo da linha das gengivas.
As bactérias e a placa bacteriana e o tártaro resultantes que se formam nos dentes que não são removidos por meio de uma limpeza dentária regular seguem seu caminho abaixo da linha da gengiva, causando inflamação que faz com que a gengiva se afaste dos dentes, criando bolsas. Essas bolsas prendem alimentos e bactérias, agravando o problema à medida que a infecção e a inflamação chegam à raiz do dente e ao osso que o sustenta.
Durante a limpeza profunda, aplainar e descamar com uma ferramenta de raspagem ou ultra-sônica remove bactérias, placa bacteriana e tártaro da gengiva e do dente até as raízes. Isso deixa uma superfície lisa no dente para que as gengivas se fixem novamente. Os antibióticos são prescritos para uso antes e depois do procedimento, ou um pedaço de fibra antibiótica pode ser deixado entre a gengiva e os dentes para tratar a infecção existente e prevenir a infecção de qualquer bactéria que entre na corrente sanguínea durante a limpeza profunda.