A principal vantagem de incluir uma GUI com o software é que torna mais fácil para a grande maioria dos usuários aprender e usar o aplicativo. As principais desvantagens são que ele usa mais recursos do sistema, degradando assim o desempenho geral do software. Além disso, as GUIs geralmente fornecem ao usuário um controle menos granular sobre as operações.
Uma GUI fornece aos usuários novatos dicas visuais para ajudar a orientar e fornecer feedback imediato para cada ação realizada. É muito mais fácil para uma pessoa comum descobrir e usar a funcionalidade identificada com uma imagem, como um ponto de interrogação para indicar ajuda ou um ícone de impressora para designar a função de impressão. No entanto, por causa desses gráficos, o software que usa uma GUI geralmente é executado muito mais lentamente do que os aplicativos sem essa camada. Além disso, dependendo do método usado para criar a GUI, o software pode não ser executado em computadores mais antigos que não têm o poder de processamento necessário ou controles gráficos compatíveis.
O software que requer que o usuário o opere usando uma interface de linha de comando geralmente tem uma curva de aprendizado muito mais íngreme. No entanto, uma vez que o usuário esteja familiarizado com os comandos, ele geralmente é executado com muito mais rapidez. Um operador experiente geralmente descobre que as opções disponíveis usando uma linha de comando fornecem maior poder e flexibilidade no uso do software.