Dr. O divórcio de Charles Stanley de sua esposa em 2000 foi supostamente causado pelo que sua ex-esposa descreveu como muitos anos de decepções e conflitos conjugais. Anna Stanley originalmente pediu o divórcio em junho de 1993, mas foi persuadida por Charles Stanley a alterá-lo para uma separação judicial. Anna Stanley novamente pediu o divórcio em 1995, declarando oficialmente que seu casamento de mais de 40 anos foi quebrado além do reparo.
Dr. O processo de divórcio de Charles e Anna Stanley causou um escândalo na Primeira Igreja Batista de Atlanta, Geórgia, da qual Charles era o pastor titular na época do pedido de divórcio. Charles havia declarado em 1995 que se sua esposa oficialmente se divorciasse dele, ele renunciaria imediatamente ao seu cargo na igreja. Apesar de o divórcio se tornar definitivo, o Dr. Charles Stanley permaneceu como o pastor principal da igreja com apoio positivo de sua congregação enquanto eles votavam para mantê-lo.
Dr. O divórcio de Charles também causou uma briga com seu filho, Andy Stanley. O conflito teria escalado devido à discordância de Andy sobre como seu pai estava abordando o escândalo do divórcio e culminou em sua renúncia da Primeira Igreja Batista. Andy Stanley estabeleceu a North Point Community Church em 1995.