Algumas das desvantagens da integração econômica regional incluem uma mudança da força de trabalho, menos eficiência no comércio, criação de barreiras comerciais para não-membros e perda de soberania até certo ponto. A integração econômica é, no entanto, é considerada a chave para o desenvolvimento internacional, pois quebra várias barreiras comerciais entre os estados membros.
Um dos pontos negativos da integração econômica regional é que ela incentiva uma mudança na força de trabalho. Se, por exemplo, uma determinada região oferece oportunidades lucrativas, a maioria dos profissionais está fadada a se mudar de seus países de origem para um país com melhores oportunidades. Isso pode criar novos desafios para o país de origem, pois ele tenta competir com os outros.
Outro demérito é que a ineficiência comercial pode surgir. Por exemplo, se um país tradicionalmente se dedica ao comércio com um determinado país, seu comércio pode ser forçado a parar se forem estabelecidas novas leis que impeçam os países de comercializar com outros que não pertencem à união econômica. Os países dentro da união podem oferecer preços mais baixos ou podem ser muito caros, tornando o comércio difícil ou menos lucrativo.
Assim que as novas leis regionais entrarem em vigor, os países membros podem perder sua soberania em certos assuntos. As novas leis podem caber a todos os países para consultar e construir um consenso antes de fazer coisas novas, e isso pode ser considerado uma perda de soberania.
