As desvantagens da fertilização externa incluem a dependência de água e a grande quantidade de espermatozóides e óvulos desperdiçados que nunca alcançam um gameta correspondente, mesmo quando os organismos que liberam os óvulos e espermatozoides estão próximos. , os óvulos liberados podem não ter casca, pois isso impediria os espermatozoides.
A fertilização externa é usada apenas por animais que se reproduzem na água, uma vez que os espermatozoides precisam de água para nadar até chegar aos óvulos. Os animais que usam essa estratégia reprodutiva incluem a maioria dos peixes, anfíbios e muitos outros tipos de invertebrados aquáticos. Por causa da fertilização incerta de qualquer óvulo em particular, os animais que usam fertilização externa normalmente produzem um grande número de espermatozoides e óvulos.
A fertilização externa também tem vantagens sobre a fertilização interna. Na fecundação interna, o macho de uma espécie insere diretamente o esperma na fêmea, que então nada nos fluidos ao redor do trato reprodutivo para chegar aos óvulos. Essa é a estratégia comumente usada por animais que se reproduzem em terra. Embora este seja um método mais confiável em termos da probabilidade de cada óvulo ser fertilizado, é mais complicado do que a fertilização externa. Exige uma coordenação estreita entre homens e mulheres em termos de comportamento e fisiologia, o que requer controles hormonais extensos.