Algumas cobras se reproduzem botando ovos, enquanto outras espécies dão à luz filhotes vivos. Como as cobras se reproduzem depende da espécie e também da localização. Nas regiões mais frias do mundo, as cobras se reproduzem apenas na primavera e no verão, enquanto nas regiões quentes elas podem se reproduzir durante todo o ano.
Como outros répteis, as cobras machos e fêmeas não têm genitália externa visível, mas têm órgãos sexuais internos diferentes. Os dois testículos do homem são encontrados dentro do corpo. A cobra macho possui dois órgãos copulatórios, chamados hemipenos, que podem ser visíveis como protuberâncias duplas na base da cauda. Ao contrário de humanos e mamíferos, os heimipenos não estão conectados ao trato urinário e servem apenas para fins reprodutivos.
Enquanto o macho exibe um comportamento agressivo durante o namoro lutando com outros machos, é a fêmea que escolhe seu parceiro. Durante o sexo, um ou ambos os hemipenos podem ser inseridos na cloaca ou órgão sexual da fêmea. Após o acasalamento, o par separa-se permanentemente. O sêmen pode realmente ser armazenado no corpo da fêmea por até 6 anos para fertilizar os lotes subsequentes dos jovens.
As cobras que colocam ovos incluem todas as pítons, cobras rei, cobras rato, cobras milho e cobras leiteiras. Todas as jibóias, víboras e cobras-liga nascem vivas.
