As desvantagens da clonagem incluem maior risco de doenças hereditárias, falta de variação genética, ética e dogma religioso a ela associados. O termo clonagem se refere a vários processos usados na produção de cópias geneticamente idênticas de uma entidade biológica.
O aumento do risco de doenças hereditárias decorre do fato de que todos os clones compartilham os mesmos genes e, portanto, podem ser suscetíveis a um tipo específico de doença. Isso pode resultar em uma doença exterminando toda uma população. Outra desvantagem é a falta de variação genética. A reprodução natural garante uma combinação de diferentes genes, resultando em indivíduos únicos.
O debate sobre clonagem atraiu opiniões em todas as esferas. No meio religioso, por exemplo, continua sendo um tema polêmico. A maioria dos governos não se comprometeu a abraçar totalmente a clonagem por medo de reação do eleitorado.