Eubactérias é um reino enorme e diverso de micróbios procarióticos que inclui clamídia, E. coli e cianobactérias. Organismos eubacterianos são usados para fazer queijo e vinho. Eles podem causar infecções graves em humanos e, às vezes, como no caso da flora intestinal humana, eles mudam rapidamente de úteis para prejudiciais.
As eubactérias são todas procariontes. Isso significa que os membros deste reino, que é tão grande e diverso quanto os reinos vegetal e animal, carecem de um núcleo celular e geram energia sem as relações simbióticas que definem os eucariotos.
Cianobactérias, um tipo de eubactéria, estão entre as primeiras formas de vida que apareceram no registro fóssil. Os estromatóforos coloniais estavam construindo grandes montes, chamados estromatólitos, na Terra, há 3 1/2 bilhões de anos. Essas algas azul-esverdeadas, como são freqüentemente chamadas, foram as primeiras grandes produtoras de oxigênio na Terra e permanecem essenciais para manter o equilíbrio da atmosfera terrestre. Algumas cianobactérias fixam nitrogênio diretamente do ar, enriquecendo o solo e permitindo que as plantas prosperem.
As eubactérias nocivas existem como parasitas. A clamídia e as espiroquetas responsáveis pela sífilis são dois exemplos de eubactérias destrutivas. E. coli é indiscutivelmente outro bacilo prejudicial. Esta espécie normalmente reside no intestino, onde auxilia na digestão, mas pode se tornar perigosa em certos casos. E. coli resistente à vancomicina é uma infecção comum encontrada em enfermarias de hospitais.