Os biólogos que estudam as relações entre grupos de animais são conhecidos como taxonomistas e têm uma ampla gama de ferramentas à sua disposição para determinar a filogenia exata dos organismos. Entre eles estão a anatomia macroscópica, a similaridade de proteínas e o sequenciamento direto do gene, conforme relatado por Rediscovering Biology.
Um método de classificação de organismos data do início da taxonomia clássica e envolve uma comparação anatômica grosseira entre as características físicas dos seres vivos. As semelhanças entre eles podem, portanto, ser plotadas em uma árvore grosseira de provável parentesco entre as espécies. De acordo com a Rediscovering Biology, este método funciona bem com o sistema clássico que foi desenvolvido pela primeira vez por Charles Linn no século 18.
Um método mais moderno, e que leva em consideração as verdadeiras relações evolutivas entre os seres vivos, é conhecido como cladismo. Este método visa desenvolver uma verdadeira árvore da vida que pode ser útil para identificar a história e as relações dos organismos. Este sistema freqüentemente depende da análise direta da anatomia macroscópica, como acontece com a taxonomia clássica, bem como do exame do organismo em um nível molecular para comparar proteínas. De acordo com a Rediscovering Biology, os cladistas às vezes recorrem a uma comparação direta ponto a ponto das sequências de nucleotídeos dos organismos em busca de pistas de sua verdadeira herança.
