Os testes bioquímicos são os testes mais rápidos e fáceis para identificar bactérias porque usam princípios dedutivos para reduzir o número de espécies possíveis presentes muito rapidamente. Além disso, como as bactérias são microrganismos, a identificação visual nem sempre é possível , e nunca é fácil. O teste genético é possível para algumas bactérias conhecidas, mas é caro e demorado.
Um teste bioquímico simples para bactérias é o teste da catalase. Uma das melhores maneiras de reduzir o pool de espécies potenciais de bactérias é determinar se a espécie em questão é anaeróbia, o que significa que ela não usa oxigênio em seu metabolismo. Para realizar o teste, os técnicos expõem uma lâmina cheia de bactérias a uma pequena quantidade de peróxido de hidrogênio. Os técnicos então observam a lâmina com a ajuda de um microscópio para procurar sinais de bolhas. As bolhas indicam que as bactérias são capazes de metabolizar o oxigênio e não são bactérias anaeróbias.
Os microbiologistas têm muitos testes bioquímicos diferentes à sua disposição que podem ajudá-los a deduzir a identidade das bactérias. Freqüentemente, mais de um teste é necessário para identificar uma amostra positivamente. A origem da bactéria pode fornecer muitas pistas sobre sua identidade. Os técnicos que testam rotineiramente amostras semelhantes geralmente se tornam hábeis em usar o mínimo de testes possível.