Os répteis são importantes porque desempenham um papel vital na cadeia alimentar, agindo como polinizadores e controlando pragas. Répteis são predadores para alguns animais e presas para outros, tornando-os um componente crítico no ecossistema .
Os crocodilos americanos são uma espécie importante porque cavam "buracos de jacaré" nas áreas que habitam, que contêm a única água disponível durante a estação seca nos Everglades. Esses pequenos pontos de água servem de refúgio para outros animais aquáticos e fonte de água para plantas, pássaros e animais. Um réptil intimamente relacionado, o crocodilo, é considerado uma espécie-chave porque é altamente influente em seu habitat.
Além de serem essenciais para as cadeias alimentares de muitos ecossistemas diferentes, os répteis também podem cumprir muitos outros papéis importantes. Por exemplo, alguns répteis atuam como polinizadores. A lagartixa-do-dia de cauda azul poliniza uma espécie rara de planta localizada nas Ilhas Maurício. Como único polinizador, a lagartixa é essencial para a sobrevivência da planta. Os répteis também servem para manter as espécies de pragas e roedores sob controle, o que beneficia as comunidades agrícolas onde as pragas podem destruir as plantações.
Embora os répteis sejam uma parte positiva do ecossistema, sua sobrevivência é ameaçada pelos humanos, perda de habitat e mudanças climáticas. Freqüentemente, répteis são colocados em perigo por espécies invasoras que são introduzidas em um ambiente e assumem o controle.