É importante evitar cavar no ágar com a alça devido ao alto risco de contaminação cruzada entre diferentes amostras. A contaminação torna uma placa de Petri ou placa de teste inutilizável. A American Society for Microbiology afirma que a esterilização inadequada de alça também aumenta o risco de contaminação.
De acordo com a Universidade de Boston, o protocolo moderno da placa listrada exige três ou quatro amostras por placa de Petri. Cada segmento requer uma nova zaragatoa ou ansa esterilizada. As ferramentas mais populares usadas para inocular o ágar são cotonetes e laços de metal. Os cotonetes são instrumentos descartáveis porque não resistem à esterilização por chama. As alças de metal reutilizáveis requerem esterilização após cada uso.
Alguns cientistas preferem usar laços de plástico. Assemelham-se a laços de metal, mas devem ser descartados após cada inoculação. Agulhas de metal são outra opção. Assim como as alças de metal, as agulhas precisam ser esterilizadas.
A American Society for Microbiology recomenda a esterilização de alças e agulhas de metal, passando-as através da chama de um bico de Bunsen voltado para a configuração mais baixa. Para esterilizar um instrumento, insira-o na parte azul clara da chama e segure-o até que fique laranja ou vermelho. A inserção gradual do laço ou agulha na chama evita a pulverização de líquidos potencialmente perigosos.
Outra forma eficaz de esterilizar alças e agulhas de metal é colocá-las em uma máquina de incineração projetada para esse fim. Este método de esterilização leva menos de 10 segundos. No entanto, o incinerador leva vários minutos para atingir a temperatura operacional.
