A clonagem como tecnologia é considerada uma má ideia no seu nível atual de desenvolvimento porque levanta uma série de questões éticas e biológicas. Isso inclui a inviabilidade de muitos fetos clonados, o desenvolvimento de distúrbios fisiológicos mais tarde na vida, o aumento da suscetibilidade a doenças transmissíveis e outras circunstâncias.
Os clones ocorrem naturalmente em todas as áreas da natureza. Qualquer gêmeo idêntico, humano ou não, é um clone. Muitas espécies de micróbios e algumas espécies de animais e plantas se reproduzem por meio da clonagem. Os problemas surgem de tentativas humanas de criar clones artificiais, principalmente de mamíferos, pois a tecnologia ainda está em sua infância e muitos fatores são desconhecidos.
Bem mais de 95 por cento dos embriões clonados fertilizados se tornam inviáveis e incapazes de sobreviver além dos estágios iniciais por causa de defeitos genéticos. Os clones que sobrevivem frequentemente desenvolvem uma série de complicações mais tarde na vida, como órgãos anormalmente aumentados, sistema imunológico comprometido e outros defeitos genéticos. Esses fatores são dilemas éticos preocupantes quando aplicados à possibilidade de clones humanos, pois a clonagem leva à possibilidade de morte e sofrimento humano.
Os especialistas especulam que os clones produzidos em grande número também podem compartilhar a mesma vulnerabilidade a doenças transmissíveis e podem ser eliminados por um único patógeno. Uma população com genética mais diversa se mostraria mais resistente. Grandes populações de clones também podem eventualmente sofrer de problemas de endogamia.