A partir de 2014, não há uma resposta definitiva sobre por quanto tempo o HPV pode permanecer dormente no corpo, de acordo com o Departamento de Saúde do Governo Australiano. O vírus pode permanecer inativo por anos antes da ativação.
Uma vez ativado, o corpo normalmente limpa a infecção em um ou dois anos, de acordo com o Departamento de Saúde do Governo Australiano. Em algumas mulheres, o HPV pode permanecer nas células do colo do útero e aumentar o risco de câncer cervical. Algumas cepas do vírus HPV são responsáveis por causar verrugas genitais, enquanto a maioria das outras cepas não causa sintomas na maioria das pessoas.