Na América do Norte, os guaxinins jovens podem ser vítimas de linces, lobos, coiotes e corujas com chifres. Os cães domésticos podem atacar os guaxinins, mas os gatos não são uma ameaça. Em áreas da ex-União Soviética onde os guaxinins foram introduzidos, seus principais inimigos são os lobos, linces e corujas.
Embora os guaxinins vivam por mais de 20 anos em cativeiro, sua expectativa de vida na natureza é de apenas 1,8 a 3,1 anos, dependendo do tráfego local, da caça e da severidade dos invernos. Um jovem guaxinim pode perder sua mãe para a fome, principalmente em invernos longos e frios, e apenas metade dos jovens sobrevive ao primeiro ano. Eles são suscetíveis à cinomose, que, em uma epidemia, pode matar a maior parte da população local de guaxinins. O tráfego intenso e a caça extensiva são responsáveis por até 90 por cento das mortes de guaxinins adultos.
