Os aspectos negativos da energia de biomassa são semelhantes aos associados ao uso de combustíveis fósseis para gerar eletricidade, com a exceção de que os combustíveis de biomassa são fontes de energia renováveis. A queima de combustíveis de biomassa causa preocupações sobre as emissões e uso de água. Combustíveis de biomassa são menos eficientes e requerem mais terra.
A energia da biomassa usa combustível de origem vegetal e animal. Essas fontes incluem resíduos como aparas de madeira, esgoto, esterco e árvores apodrecidas, mas também incluem lavouras cultivadas especificamente para a conversão de biomassa. Enquanto as pessoas usam a madeira há séculos como fonte de calor, a energia da biomassa usa essa fonte de combustível para alimentar motores ou usinas geradoras de eletricidade. No entanto, criar a fonte de combustível costuma ser caro, mesmo quando consome produtos residuais.
Embora a energia da biomassa ajude a reduzir as emissões de dióxido de carbono, ela aumenta outros gases de efeito estufa, incluindo o metano. Do ponto de vista ambiental, as emissões de uma usina de biomassa são tão prejudiciais quanto as dos combustíveis fósseis. O uso de resíduos de animais e humanos também cria odores indesejáveis.
Como a energia da biomassa produz gás metano, ela requer mais terra do que outros tipos de produção de energia para proteger as pessoas que vivem perto da usina. Se a demanda por biomassa adicional exceder os produtos residuais disponíveis, há potencial para os agricultores converterem de culturas alimentares em culturas de biomassa, o que reduz a disponibilidade de alimentos. A demanda também tem o potencial de colocar mais demandas em florestas já estressadas.