Embora houvesse uma teoria popular de que o estegossauro pode ter dois cérebros, um na cabeça e outro na cauda ou na parte traseira, essa ideia foi amplamente desacreditada na paleontologia. Alguns paleontólogos podem ainda se apegue a essa teoria e tente encontrar maneiras de ela ser verdade, mas no geral, essa não é uma ideia aceita.
Os cientistas há muito afirmam que o estegossauro deve ter um cérebro comparativamente pequeno em relação ao seu tamanho, o que pode ser a raiz do mito dos dois cérebros. No entanto, não há evidências para apoiar a ideia de que esse dinossauro tinha um cérebro separado para controlar sua metade posterior.
