Embora possa ser difícil diferenciar entre dragões barbudos machos e fêmeas como filhotes, os machos adultos têm uma série de orifícios visíveis na parte inferior das patas traseiras e protuberâncias ao redor do ânus. Deve-se ter cuidado tomadas ao levantar a cauda para verificar se há protuberâncias, pois levantá-la muito pode quebrar a espinha do animal. Os dragões barbudos machos também tendem a ser maiores do que as fêmeas, com cabeças e barbas significativamente maiores.
Há também uma diferença no comportamento de balançar a cabeça entre os dois sexos, que é mais rápido nos homens do que nas mulheres. Normalmente, um dragão barbudo macho inicia uma exibição de balanço rápido da cabeça e uma fêmea responde mais lentamente.
Se você mantiver apenas um dragão barbudo, o sexo é amplamente irrelevante para as necessidades e temperamento do animal, embora as fêmeas sejam geralmente mais dóceis do que os machos. O sexo se torna mais importante ao manter mais de um dragão barbudo juntos. Dois ou mais dragões barbudos machos, por exemplo, são propensos a agressão e brigas. Embora isso seja raro entre mulheres, não é inédito. Mais comumente, no entanto, uma relação harmoniosa e hierárquica surgirá entre duas ou mais mulheres. Enquanto isso, se um macho e uma fêmea forem mantidos juntos, eles produzirão ovos.
