As moscas das frutas estão entre os menores membros da Ordem Diptera e têm olhos compostos grandes e pronunciados, corpos ovais e um conjunto de quatro asas, muito parecido com as moscas maiores. As moscas das frutas têm uma média de aproximadamente 1 milímetros de comprimento, e as fêmeas são ligeiramente maiores que os machos. Eles se parecem muito com muitas espécies de mosca na aparência, compartilhando a mesma forma corporal única, asas grandes e olhos salientes, mas têm várias diferenças biológicas importantes.
As moscas-das-frutas são separadas biologicamente de seus parentes mais próximos por suas aristas pectinadas, que são minúsculas estruturas semelhantes a cabelos que cobrem suas antenas. As moscas-das-frutas batem as asas mais rápida e agressivamente durante o vôo do que seus primos maiores, o que lhes dá um zumbido distinto e agudo enquanto voam pelo ar do que a maioria das outras moscas. Tal como acontece com outras da Ordem Diptera, as moscas-das-frutas variam de cor dependendo da espécie. Alguns são vibrantes e vívidos e têm corpos e asas coloridas em laranja brilhante, carmesim e dourado, enquanto outros são azul escuro, cinza e preto. As moscas-das-frutas têm antenas longas, que podem ter o dobro do comprimento do corpo. Essas antenas são equipadas com minúsculas antenas nas extremidades que guiam as moscas até seus suprimentos de comida. As moscas-das-frutas têm olhos compostos de grandes dimensões, como a maioria dos insetos, o que essencialmente lhes dá uma visão 3-D
