Os protozoários se movem por extensão celular, flagelos e cílios; o método de movimento é determinado pelo tipo de organismo e ambiente circundante. Os protozoários são classificados em três grupos: ciliados, amebas e flagelados. Os ciliados se movem usando cílios minúsculos, os flagelados se movem na água usando flagelos como remos e remos e a ameba rasteja ao longo de superfícies estendendo partes de suas células.
Os ciliados formam o maior grupo de protozoários. Esses organismos variam em tamanho e freqüentemente vivem em ambientes aquáticos, incluindo oceanos, pântanos, baías e riachos. Esses organismos contêm estruturas especiais, chamadas cílios, que são essencialmente fios minúsculos semelhantes a fios de cabelo que agem como sensores e membros minúsculos. Os ciliados têm várias centenas de cílios, que cobrem seus corpos. Ciliados transmitidos pela água usam seus cílios para se mover através da água, batendo-os em padrões rítmicos em um movimento semelhante ao de remos. Os flagelados também vivem principalmente na água e usam seus flagelos em forma de cauda longa para se moverem na água. Esses flagelos agem como lemes, ajudando a estabilizá-los à medida que se movem. Os movimentos dos ciliados e flagelados são bem diferentes dos das amebas, que possuem membranas celulares flexíveis que atuam como pés. As amebas cruzam as superfícies esticando, dobrando e curvando essas estruturas celulares, que se projetam para fora para ajudar as amebas a se moverem em seus ambientes.
