Os vacúolos engolfam os materiais produtores de energia que entram por meio da endocitose. Os lisossomos se ligam a essas organelas, fundindo-se à medida que as enzimas digerem o conteúdo do vacúolo. Lisossomos e vacúolos trabalham juntos para formar um sistema digestivo para uma célula eucariótica.
A matéria usada na produção de energia - como amidos, gordura e glicogênio - entra na célula por endocitose. Os vacúolos se formam por esse processo de pinçamento da membrana externa da célula. Quando o vacúolo envolve o assunto, ele se torna um endossomo. Cercados por sua própria membrana celular, os endossomos armazenam materiais celulares até que estejam prontos para serem processados pelos lisossomos.
Enquanto a estrutura é produzida pelo corpo de Golgi, as enzimas fortes são produzidas pelo retículo endoplasmático. Aproximadamente 50 enzimas diferentes, conhecidas como hidrolases ácidas, quebram proteínas, materiais genéticos, polissacarídeos, lipídios e organelas em um processo chamado autofagia. Os lisossomas se ligam ao endossomo, criando outro lisossoma onde a matéria é digerida. Os lisossomos circundantes são uma camada de membrana celular para proteger o resto da célula de seu conteúdo interno. Quando os materiais foram suficientemente digeridos, eles se difundem através da membrana do lisossoma para o citoplasma.
Condições genéticas como a doença de Tay-Sachs podem resultar em disfunção deste sistema de eliminação. Devido à falta de uma enzima, o acúmulo de macromoléculas não digeridas torna-se prejudicial para o sistema nervoso e outros órgãos.
