As cobras respiram movendo os músculos que circundam a caixa torácica. Eles não têm o diafragma que impulsiona o processo respiratório dos mamíferos. Uma contração muscular empurra o ar para fora dos pulmões. Quando os músculos relaxam, os pulmões se enchem de ar.
O trabalho de trocar dióxido de carbono por oxigênio no processo respiratório da cobra depende do pulmão direito. É mais comprido do que o esquerdo e localizado mais próximo da boca. Em algumas espécies de cobras, o pulmão esquerdo é apenas ligeiramente desenvolvido e não desempenha nenhuma função essencial. No entanto, o pulmão esquerdo das cobras aquáticas ajuda a regular a pressão dentro de seus corpos enquanto nadam. Entre respirações, uma cobra pode parar por alguns minutos.