A síndrome de Down pode afetar o sistema nervoso do corpo, fazendo com que os nervos diminuam ou falhem em momentos diferentes; também pode causar a ocorrência de convulsões. Embora possa ser prejudicial para o sistema nervoso, geralmente é mais prejudicial para os sistemas de desenvolvimento do corpo e outros sistemas que trabalham para fazer o corpo funcionar corretamente.
A síndrome de Down tem muitos efeitos diferentes no corpo. É capaz de afetar quase todos os grupos de órgãos do corpo, mas pode afetar diferentes áreas, dependendo do paciente específico e da situação particular em que o paciente está envolvido. Mais comumente, é capaz de afetar a audição, a visão e o sistema circulatório e os sistemas ósseos.
Pacientes com síndrome de Down são mais propensos a doenças cardíacas e podem estar em risco de desenvolver doença de Alzheimer precoce. Eles também são mais suscetíveis a problemas de audição e podem sofrer de problemas nas articulações, como artrite, desde muito jovens. A maioria das pessoas com síndrome de Down são saudáveis e capazes de aprender a funcionar em sociedade, mas muitas vezes têm mais dificuldade em fazê-lo por causa das várias limitações que a doença impõe a seus corpos. Pacientes com síndrome de Down geralmente demoram mais para realizar tarefas, incluindo tarefas de habilidades motoras, do que pacientes que não têm a doença.