A chuva ácida com um pH de 1,0 e inferior afeta a germinação das sementes, atrasando o processo de germinação. Algumas sementes são mais resistentes ao efeito da chuva ácida do que outras.
A chuva ácida é prejudicial às plantas em todos os estágios de crescimento. A taxa de germinação, velocidade de germinação, comprimento da raiz e muitas outras medidas de crescimento são afetadas negativamente pela chuva ácida. A chuva ácida aumenta a quantidade de toxinas no solo e na atmosfera circundante. Chumbo, alumínio, cobre e outros metais tóxicos livres são mais prevalentes no solo com a presença de chuva ácida. A chuva ácida também diminui o equilíbrio do pH do solo, o que afeta a população de microrganismos que decompõem a matéria orgânica. Como esse processo é necessário para liberar nutrientes no solo, resulta em menos nutrientes para a planta crescer. Além disso, a chuva ácida causa danos à camada protetora de cera das folhas. Quando o revestimento protetor é danificado, a umidade valiosa é perdida. O ácido substitui parte da água da planta, prejudicando a capacidade da planta de fotossintetizar com eficiência. O dano ao revestimento ceroso nas folhas da planta causado pela chuva ácida também torna a planta mais suscetível ao clima frio.
