Os homens possuem órgãos genitais externos (pênis, escroto e testículos) para a produção e distribuição de esperma, e as mulheres possuem órgãos genitais internos (vagina, útero e ovários) para a produção de óvulos e o desenvolvimento de embriões humanos. A maioria das diferenças fisiológicas entre homens e mulheres ocorre devido a diferenças nos sistemas endócrinos durante períodos críticos de desenvolvimento, como crescimento fetal e puberdade.
As funções dos sistemas endócrinos em homens e mulheres levam a outras diferenças fisiológicas ao longo da vida. Por exemplo, os homens produzem um tipo de folículo piloso mais claro e visível, chamados de pelos terminais no peito, abdômen, rosto e costas. As mulheres, no entanto, produzem um folículo capilar mais fino, denominado pêlos velus, em menos áreas do corpo. A produção de hormônios no sistema endócrino também é parcialmente responsável pelo desenvolvimento e diferenças de padrão de calvície em homens e mulheres.
Grandes diferenças também estão presentes nos sistemas esquelético e muscular de homens e mulheres. Normalmente, os homens possuem tendões, ligamentos e ossos mais densos e fortes do que as mulheres, e os homens geralmente têm mais massa muscular. Isso leva a diferenças na força física e nos processos metabólicos de gasto e armazenamento de calorias. Em comparação, as mulheres normalmente possuem um sistema esquelético que é menos robusto e mais liso em estrutura do que o encontrado nos homens.