De acordo com os relatos da história oral de Hidatsa, o nome da mãe de Sacagawea era Mulher Lontra e seu pai era Smoked Lodge. Esta informação foi fornecida por um Hidatsa chamado Bulls Eye, que alegou ser neto de Sacagawea.
Não se sabe muito sobre o início da vida de Sacagawea, exceto que ela cresceu como parte da tribo Shoshone e foi sequestrada pela tribo Hidatsa. Sacagawea viveu entre o povo Hidatsa até se casar com o comerciante franco-canadense Toussaint Charbonneau.
Bulls Eye contestou as afirmações de que Sacagawea era Shoshone e alegou que ela era realmente de origens Hidatsa. Qualquer que seja a versão verdadeira, não há mais informações sobre seus pais.