Os peixes têm um sistema digestivo que começa na boca e termina no ânus. Geralmente é composto por uma boca, esôfago, estômago, pâncreas e intestino. Nem todas as espécies de peixes, no entanto, têm estômago, como os ciprinidontes e os ciprinídeos, e os peixes herbívoros têm trato digestivo mais longo do que os peixes carnívoros.
O alimento é levado para o corpo pela boca e depois para a faringe, onde é triturado com os dentes da faringe antes de entrar no esôfago. Com camadas de músculos, as paredes do esôfago podem se expandir para acomodar objetos grandes. O alimento é então decomposto no estômago por substâncias liberadas pelas glândulas gástricas. Algumas espécies de peixes têm uma moela no início do estômago que inicia o processo digestivo. Os cecos pilóricos estão localizados na extremidade do estômago em muitas espécies de peixes e estes continuam o processo digestivo e expandem o intestino. A digestão é auxiliada pela secreção de enzimas do pâncreas para o intestino, onde ocorre a maior parte da absorção dos alimentos. As fezes então deixam o corpo pelo ânus.
