De acordo com a American Catholic, inúmeros milagres foram atribuídos a São Francisco de Assis, a maioria deles tendo a ver com sua capacidade de se comunicar com os animais e influenciar a natureza. Há também histórias sobre sua capacidade de curar pessoas e animais com um toque. Essas histórias de cura persistiram após a morte de Francisco, quando os peregrinos aos locais que continham suas relíquias sagradas também foram curados.
Um dos milagres mais famosos atribuídos a São Francisco de Assis é a capacidade de pregar para pássaros e outros animais selvagens. Em uma ocasião, ele se aproximou de um grande bando de pássaros que não voou quando ele se aproximou, mas sim esperou pacientemente por ele. São Francisco de Assis pregou um sermão aos pássaros, que todos começaram a cantar quando ele terminou de falar. Em outra ocasião, Francisco pacificou um lobo que estava matando gado para que nunca mais incomodasse as pessoas.
São Francisco de Assis também fez milagres para as pessoas. Vários de seus milagres envolveram a cura de pessoas de doenças físicas e mentais. Ele também convenceu muitos criminosos a se arrependerem de seus crimes e se reconciliarem com a igreja, incluindo uma instância em que convenceu três ladrões que o haviam roubado a devolver o que haviam levado e se juntar à ordem franciscana.
