O número de ossos varia de uma espécie de baleia para outra e depende, em parte, do comprimento da espinha da baleia. Os cachalotes contêm 164 ossos, enquanto a baleia azul, a maior animal na terra, tem 356 ossos.
O esqueleto de uma baleia contém um crânio, uma espinha e uma caixa torácica, além dos ossos que constituem suas nadadeiras. O esqueleto dentro da nadadeira de uma baleia parece uma versão da mão humana; contendo um ombro, osso do braço, ossos do braço, ossos do pulso e falanges ou ossos do tipo dedo. As baleias também contêm vários ossos pequenos flutuando em direção às suas caudas. Os cientistas acreditam que esses são vestígios do que antes eram patas traseiras.