Pode ser difícil determinar o número exato de lêmures restantes no mundo, pois novas espécies são descobertas continuamente. No entanto, a maioria das espécies são consideradas ameaçadas de extinção e criticamente ameaçadas e uma espécie está perto da extinção.
Os lêmures estão entre as espécies de mamíferos mais ameaçadas de extinção do mundo, de acordo com uma análise realizada pela Comissão Internacional para a Conservação da Sobrevivência de Espécies da Natureza em 2012. Uma espécie, o lêmure esportivo do norte, está tão perto da extinção que apenas 18 indivíduos permanecem na natureza. Das 103 espécies conhecidas de lêmures no mundo, 93 enfrentam algum nível de ameaça. Destas 93 espécies ameaçadas, 19 são listadas como "Vulneráveis", 52 são classificadas como "Ameaçadas" e 23 são descritas como "Criticamente Ameaçadas", o que significa que são especialmente vulneráveis à extinção. Apenas três espécies não são consideradas ameaçadas de extinção.
Em 2005, 41 espécies de lêmures foram consideradas "Vulneráveis", "Em Perigo" ou "Em Perigo Crítico". O aumento acentuado nos números de 2012 é devido a dois fatores importantes: aumento dos níveis de ameaça e a descoberta de várias novas espécies de lêmure.
A maior ameaça aos lêmures é a destruição do habitat. Seu habitat é limitado à ilha de Madagascar. As florestas tropicais onde vivem estão ameaçadas pela extração ilegal de madeira, mineração ilegal e problemas políticos. Os lêmures também enfrentam ameaças de caçadores ilegais.
Embora muitas espécies enfrentem grandes ameaças, algumas espécies experimentaram recuperação. Por exemplo, a maior população de lêmures de bambu aumentou de 100 indivíduos para 500 indivíduos.
