As raças de cavalos domesticados têm 64 cromossomos. O Cavalo de Przewalski, a única raça remanescente conhecida de cavalo selvagem, tem 66 cromossomos. Apesar desta diferença, ambas as raças de cavalos são capazes de acasalar juntas e produzir descendentes férteis.
Mapeado em 2007 pelo Horse Genome Project, o material genético de um cavalo inclui 2,7 bilhões de pares de bases de DNA dentro de cada cromossomo. Outros animais com 64 cromossomos são a chinchila, a raposa fennec e o gambá-malhado. Os burros, que têm 62 cromossomos, são cruzados com o cavalo domesticado para produzir mulas, que têm 63 cromossomos. Por causa desse número ímpar, a maioria das mulas é infértil.
