O objetivo da cromatografia em papel é separar uma mistura em seus vários componentes. Usar uma amostra que é uma mistura de vários componentes altamente coloridos, como tinta ou pigmentos de folha, permite que o cientista veja os componentes à medida que se separam. Com amostras que não exibem cores, outros meios de detecção são necessários.
A ideia por trás da cromatografia é que diferentes produtos químicos se movem por diferentes substratos em diferentes taxas. Portanto, se a coluna for longa o suficiente, as diferentes substâncias podem ser separadas, tanto para fracionamento quanto para análise. Enquanto os cientistas usam tipos avançados de cromatografia com equipamentos especializados, processos semelhantes permitem que cientistas iniciantes façam experimentos em casa. Filtros de café cortados em tiras são um meio ideal para praticar as habilidades de cromatografia. About.com sugere o uso de giz branco como meio para separar tinta ou corante alimentar em vários componentes usando álcool isopropílico como solvente. Depois que o giz seca, ele escreve com as cores diferentes.
A cromatografia em papel permite ao usuário colocar uma mancha de uma substância conhecida ao lado de uma desconhecida, a fim de determinar se as duas são iguais pelas formas como as cores se separam. De maneira semelhante, a cromatografia é usada em muitos campos diferentes, incluindo testes médicos, pesquisa científica, análise química e indústria.