O épico de Gilgamesh tem vários temas morais, mas o tema principal é que o amor é uma força motivadora. Outros temas morais neste épico são a inevitabilidade da morte e o perigo de lidar com os deuses .
O amor na amizade de Enkidu e Gilgamesh inspira os dois a serem homens melhores de maneiras diferentes. Gilgamesh foi capaz de tirar Enkidu de seus caminhos egocêntricos e inspirar Enkidu à nobreza. Por sua vez, Enkidu controla a inquietação de Gilgamesh e motiva Gilgamesh a parar com sua intimidação e tirania, permitindo que ele se torne um herói e rei melhor. A conexão deles permite que Gilgamesh entre em contato com as necessidades de seu povo.
A falta de um interesse romântico feminino neste épico não significa que o amor erótico não desempenha nenhum papel. A educação de Enkidu começa com sua iniciação sexual por uma prostituta do templo. Isso é o que começa os problemas dos dois heróis, pois coincide com sua desaprovação de Ishtar, a deusa do amor. É apenas quando Gilgamesh entende que seu lugar é na terra que Ishtar retorna ao seu lugar de honra.
Outra grande lição que Gilgamesh aprende é a verdade inescapável da morte humana. Ele se ressente da imortalidade dos deuses e, quando Enkidu tem uma morte dolorosa, Gilgamesh fica ainda mais apavorado com a ideia de sua própria morte. Sua segunda busca em Utnapishtim, uma tentativa de escapar da morte, lhe ensina que, embora os humanos morram, a humanidade ainda vive.
Tanto Gilgamesh quanto Enkidu aprendem que é perigoso lidar com os deuses, pois eles podem se comportar emocionalmente e irracionalmente. Através do grande dilúvio, eles aprendem que as ações dos deuses não podem ser compreendidas pelos humanos. Na Mesopotâmia, piedade e respeito pelos deuses não são obrigações, mas sim um reconhecimento prático do poder da natureza e um lembrete do papel da humanidade no esquema maior das coisas.
