Quase todos os vírus são economicamente importantes e dois tipos são, de longe, os mais significativos. Primeiro, os vírus de insetos podem ser usados como formas de controle de pragas para proteger as safras comerciais. Em segundo lugar, a disseminação de vírus humanos pode causar um grande impacto nos resultados econômicos de uma área afetada.
Formas comuns de vírus de insetos conhecidas como baculovírus se tornaram comuns nos arsenais de controle de pragas dos agricultores contemporâneos. Essas cepas de vírus têm a capacidade de infectar mais de 600 espécies diferentes de insetos. Usando esse vírus como repelente de insetos, os agricultores podem economizar centenas de milhares de dólares por ano sem expor as plantações a produtos químicos prejudiciais presentes nos pesticidas.
Por outro lado, os vírus humanos, particularmente aqueles que causam mortes, podem ter grandes repercussões econômicas negativas. Por exemplo, o vírus Ebola da África resultou em perdas econômicas de mais de US $ 1,6 bilhão, paralisando as economias nacionais da Guiné, Sierre Leone e Libéria. Na mesma linha, a Organização Mundial da Saúde projeta que o vírus HIV /AIDS poderia subtrair 1% do produto interno bruto a cada ano em um número considerável de países da África Subsaariana. Na África do Sul, porém, a Organização Mundial da Saúde suspeita que as perdas com o crescente vírus HIV /AIDS podem subtrair mais de 17 por cento do produto interno bruto do país a cada ano.