Os bordos japoneses são suscetíveis a doenças como antracnose, murcha de verticillium, mancha de alcatrão, mancha de folha, queima de folhas e podridão de raiz. Algumas dessas doenças são potencialmente mortais, enquanto outras são geralmente inofensivas e meramente cosmético.
A murcha de Verticillium é uma das doenças mais perigosas do bordo japonês. É causada por um fungo que vive no solo e é muito difícil de erradicar. O fungo ataca a árvore através de suas raízes, às vezes afetando um lado da árvore, deixando o outro intacto. Verticillium wilt inibe o fluxo de água enquanto produz toxinas. As folhas com margens marrons ficam menores do que o normal, depois murcham e caem. Eventualmente, a árvore morre. Algumas árvores se recuperam quando os galhos afetados são podados. A melhor maneira de prevenir a doença é testar o solo para o fungo antes de plantar na área.
A antracnose é exibida primeiro como manchas marrons nas folhas. Eventualmente, a árvore desenvolve cancro em seus galhos e tronco. Essas são áreas mortas que cercam a árvore e às vezes a matam. A antracnose também é causada por um fungo, mas remover as folhas danificadas, fertilizar, regar e aplicar fungicida são etapas eficazes para ajudar a recuperação da árvore.
A podridão da raiz causa folhas descoloridas, cancro e crescimento atrofiado e pode, eventualmente, ser mortal. Mancha de alcatrão, mancha foliar e queimadura nas folhas são doenças que afetam a aparência das folhas, mas não são prejudiciais para a árvore. Remover folhas caídas e pulverizar com fungicidas ajudam a controlar essas doenças.