Uma característica homóloga compartilhada entre duas espécies é na verdade a mesma coisa que sinapomorfia, mas sinapomorfia é o termo preferido na biologia moderna. Ambos os termos se referem a semelhanças entre diferentes espécies que derivam de um ancestral comum. Semelhanças entre espécies que não são de ancestralidade compartilhada são chamadas de características convergentes.
O termo "homologia" foi usado pela primeira vez por Robert Owen, um anatomista comparativo em 1800 que notou particularmente as semelhanças nos membros anteriores de animais vertebrados. Cada membro anterior dos vertebrados tem estruturas e arranjos de ossos semelhantes. Charles Darwin sugeriu mais tarde que essas semelhanças se deviam a ancestrais comuns. A mudança do uso da homologia para a sinapomorfia foi porque a primeira foi usada antes do desenvolvimento da teoria da evolução. O último termo é usado apenas por cientistas com essa perspectiva e, portanto, seu significado incorpora conceitos evolutivos.
Qualquer traço que se qualifica como uma sinapomorfia é aquele que é compartilhado com os descendentes de um ancestral comum, mas não com outros grupos. A asa de um morcego e a asa de um pássaro têm arranjos de ossos muito diferentes, apesar de formas externas semelhantes. Visto que as semelhanças não surgem de um ancestral comum, elas são um exemplo de evolução convergente, não sinapomorfia.
