A principal desvantagem dos pacotes integrados é que eles são menos poderosos em comparação com os aplicativos independentes. Eles normalmente têm menos recursos em comparação com seus equivalentes de pacotes de uso geral.
Como todos os aplicativos do pacote são carregados a partir de uma única inicialização, todos serão carregados simultaneamente na memória, mesmo se a tarefa executada for simples e não exigir muito poder de computação.
Apesar de suas deficiências, os pacotes integrados são geralmente mais baratos do que os programas separados. Todos os aplicativos em um pacote de software integrado geralmente têm uma interface gráfica de usuário semelhante, o que torna a alternância entre aplicativos simples e simples.