Existem várias desvantagens de usar ultrassom na medicina, uma das quais é o potencial de erro do operador. Algumas máquinas também produzem imagens com resolução limitada.
O ultrassom não pode ser usado para estudar nenhuma parte do corpo que contenha gases, por isso não é uma ferramenta útil para diagnosticar problemas do pulmão e do trato digestivo. Este tipo de estudo também é muito limitado quando usado para identificar fraturas e outros problemas com os ossos.
O site do CancerQuest afirma que alguns exames de ultrassom podem produzir falsos positivos, fazendo com que os pacientes sejam submetidos a biópsias e outros procedimentos invasivos desnecessários. O ultrassom também não é capaz de detectar calcificação do tecido mamário, o que o torna menos útil para detectar algumas formas de câncer de mama.
