A principal desvantagem das unidades flash USB são seus ciclos limitados de gravação e apagamento. Um só pode ser gravado e apagado cerca de 100.000 vezes. Embora isso possa não afetar muito o usuário médio, deve ser uma consideração importante para os usuários que pretendem usar o pen drive para executar um sistema operacional ou software de aplicativo.
Os pen drives são projetados para serem compactos e portáteis, mas seu tamanho pequeno os torna mais fáceis de colocar e perder. Para remediar a situação, alguns fabricantes projetam drives flash de forma que possam ser presos a cordões, colares e chaveiros. As unidades flash são conhecidas por espalhar vírus de computador. Se a unidade USB não tiver um mecanismo de proteção contra gravação, ela será infectada instantaneamente quando um computador contaminado por vírus for usado para acessar seu conteúdo.
O preço por unidade de armazenamento das unidades flash USB é mais alto em comparação com os discos rígidos externos. Eles também são menores em capacidade. As unidades flash podem ter até 128 GB de armazenamento, enquanto os discos rígidos externos podem ter até 2 TB de armazenamento. A memória flash é facilmente suscetível à eletricidade estática e até mesmo a menor carga elétrica pode levar à perda de dados e danos irreversíveis. A principal qualidade redentora dos drives flash é que eles são portáteis e convenientes.
