A desvantagem mais importante das espécies selecionadas artificialmente é que elas são muito suscetíveis a doenças. Uma vez que certas características são criadas, a variação dentro das espécies é muito diminuída, fazendo com que se tornem muito sensíveis às mudanças no ambiente, incluindo fatores bióticos e abióticos.
A seleção artificial também pode ter consequências imprevistas, como no caso das abelhas africanizadas, também conhecidas como abelhas assassinas. Enquanto as abelhas foram criadas para produzir mais mel, características que causaram um aumento na agressividade também foram transmitidas inadvertidamente. Isso resultou na morte de várias pessoas, à medida que as abelhas se tornaram cada vez mais defensivas.
A reprodução seletiva, outro termo para seleção artificial, também pode ter um efeito prejudicial na própria espécie, como visto na endogamia de cães, a fim de manter a chamada pureza de certas raças. Algumas raças de cães têm muitas complicações aparentemente inerentes, como displasia do quadril e vida útil mais curta.
Em outros casos, como na banana, a seleção artificial produziu híbridos muito suscetíveis à esterilidade. Isso significa que a espécie é incapaz de se reproduzir na natureza, o que a expõe a um risco maior de extinção, já que uma única doença pode efetivamente exterminar toda a espécie.
