As principais características físicas do Japão são cadeias de montanhas, vulcões e florestas pesadas. O país possui poucas planícies, que ocorrem principalmente ao longo da costa, um pequeno número de lagos e vários rios curtos.
Cerca de 80 por cento do Japão é montanhoso com vulcões ativos e inativos. Os Alpes japoneses, localizados na ilha de Honshu, são enormes montanhas que variam entre 8.000 e 10.500 pés de altura. A montanha mais alta do Japão está localizada perto de Tóquio. Este cone vulcânico, chamado Fujiyama, atinge 12.389 pés de altura. Os vulcões são uma característica importante do Japão. Existem 192 vulcões nas ilhas que formam o Japão, apenas 50 dos quais são considerados ativos.
Outra característica física proeminente é a planície de Kanto. Embora apenas 20% do Japão seja plano, a planície de Kanto é grande. É aqui que Tóquio está localizada. As poucas planícies são importantes, porque é onde vive a maioria da população e onde ocorre a agricultura e a manufatura.
Embora existam poucos lagos, o maior é o Lago Biwa. Encontra-se em Honshu e tem 265 milhas quadradas. Outro importante corpo de água é o Mar Interior, que está localizado entre três das ilhas do Japão: Shikoku, Kyushu e Honshu. Existem muitos rios no Japão, mas nenhum pode ser navegado de barco. No entanto, esses rios são fontes importantes de irrigação e energia hidrelétrica. O rio mais longo é o Shinano, que percorre 230 milhas.