O Japão contém vegetação como manguezais, florestas subtropicais, grama da floresta, florestas do norte, árvores floridas, plantas alpinas e plantas florestais. As florestas subtropicais são encontradas no sul, e as florestas contendo abetos, pinheiros e abetos estão localizadas no norte.
O Japão tem 7.000 plantas indígenas na forma de samambaias e plantas à base de sementes. As florestas do extremo norte do Japão podem ser encontradas em Hokkaido. As plantas alpinas crescem nas partes mais altas de Shikoku e Honshu.
Uma forma notável de vegetação japonesa é a cerejeira, e as flores são um símbolo nacional do Japão. O Japão tem uma grande variedade de flores de cerejeira, mas a variedade Somei Yoshino é a mais popular, consistindo de pétalas brancas com um toque de rosa. A yaezakura desabrocha flores grandes com pétalas rosa vibrantes, e a cereja chorona também dá flores cor-de-rosa.
Viburnum furcatum é uma planta da floresta que se desenvolve bem em solos úmidos e sem cal e se adapta a climas mais frios. Esses arbustos crescem em áreas úmidas e as flores aparecem em maio. Os insetos precisam polinizar cada flor para que as sementes surjam em outubro.
Hakonechloa macra é um tipo de grama da floresta tipicamente encontrada nas montanhas. Esta planta gosta de áreas sombreadas e prefere crescer em terreno úmido e rochoso. As folhas têm um efeito drapeado e a grama contém pequenos brotos, semelhantes ao bambu.