As principais massas de água na Pensilvânia são o Lago Erie, Rio Delaware, Lago Conneaut, Lago Wallenpaupack, Rio Susquehanna, Rio Allegheny, Rio Monongahela e Rio Ohio. Rios Beaver, Clarion e Youghiogheny são afluentes importantes do sistema fluvial Allegheny-Monongahela-Ohio.
O estado da Pensilvânia tem cerca de 250 lagos naturais. A maioria deles são encontrados nas regiões Nordeste e Noroeste. A Pensilvânia tem jurisdição de mais de 21 milhas quadradas do Reservatório Pymatuning, localizado na fronteira do estado de Ohio. Quase 46 por cento da água das Montanhas Apalaches é drenada pelo rio Susquehanna e seus afluentes. A fronteira leste da Pensilvânia é formada pelo rio Delaware, enquanto sua parte oeste é drenada pelos rios Allegheny e Monongahela.
