O rio Missouri começa perto de Three Forks, Montana, e segue até se fundir com o rio Mississippi perto de St. Louis, Missouri. O rio Missouri se estende por 2.341 milhas.
As águas do rio Missouri vêm de onde convergem os rios Jefferson, Madison e Gallatin. O rio estava muito sujeito a inundações quando a área começou a ser ocupada por colonos europeus. Essas inundações foram uma parte fundamental do ecossistema da área. Hoje, o rio é represado por 15 barragens ao longo de sua rota principal, e as barragens alteraram as enchentes e a rota do rio. A área conhecida como Vale do Missouri agora é muito populosa e não inunda como antes, mas essas ações afetaram a qualidade da água e afetaram pesadamente os peixes e a vida selvagem.