Os principais acidentes geográficos do Japão incluem montanhas, planícies e vulcões. A maior parte do Japão é composta por ilhas - existem milhares de ilhas que constituem o país. A ilha principal é Honshu, tem 810 milhas de comprimento e é dominada por montanhas e vulcões. Shikoku é uma das quatro ilhas principais, mas é a menos povoada.
As formas de relevo montanhosas percorrem a maior parte do Japão. As montanhas possuem vales profundos, encostas arborizadas e contrafortes. Os vales profundos estão no lado do Oceano Pacífico do país, enquanto os contrafortes estão do outro lado, onde fica o Mar do Japão. As montanhas têm várias altitudes, atingindo até 9.800 pés.
A maior elevação no Japão é o Monte Fuji, que é o maior vulcão adormecido do Japão. A elevação do Monte Fuji é de 12.388 pés e está situada a sudoeste de Tóquio.
As planícies do Japão estão situadas ao longo das áreas costeiras do lado do Oceano Pacífico e do Mar do Japão, das montanhas. A maior parte da população do Japão reside nessas comunidades costeiras. Também há rios no país em vários locais, mas o mais longo é o rio Shinano. A maioria dos outros rios é muito curta e corre das montanhas para as áreas costeiras.