Os índios Cherokee têm características faciais semelhantes às de outros índios americanos, que incluem maçãs do rosto salientes, olhos amendoados, pálpebras pesadas, dentes frontais grandes, lóbulos das orelhas grossos e pele bronzeada. No entanto, nem todos Cherokees possuem essas características físicas, devido ao contato precoce com mineiros escoceses e alemães no sudeste.
Alguns Cherokees podem ser loiros, de olhos azuis e pele clara. Os homens Cherokee têm tipicamente entre 5 pés e 4 polegadas e 5 pés e 5 polegadas de altura, com as mulheres geralmente sendo menos de 15 centímetros mais baixas. Curiosamente, os Cherokees podem obter algumas de suas características físicas de povos do Oriente Médio, já que seu DNA tem traços de semelhança com o de egípcios, turcos, libaneses, hebreus e mesopotâmicos.