Organismos classificados como arqueobactérias têm paredes celulares, contêm ácidos graxos, têm RNA polimerase complexa e têm sistemas de metabolismo. Essas características distinguem as arqueobactérias de outros organismos. Algumas características, no entanto, são compartilhadas com organismos em outros reinos, incluindo Eucariotos e bactérias.
Todas as arqueobactérias têm paredes celulares, mas a estrutura das paredes varia dependendo da espécie. As arqueobactérias carecem de peptidoglicano, o que as distingue de organismos intimamente relacionados no reino Bactéria. As arqueobactérias têm lipídios de membrana compostos de ácidos graxos e têm uma polimerase de RNA complexa para transcrever e copiar modelos de DNA em produtos de RNA. Os arqueiros também são digeridos por meio de um sistema de metabolismo interno, que ocorre em vários estágios.
