Problemas comuns com uma fossa séptica são lama no campo de drenagem e orifícios, excesso de água no campo de drenagem, incapacidade do tanque para processar sólidos, compactação do solo sobre a fossa séptica e plantas crescendo perto do local da fossa séptica . O acúmulo de produtos não biodegradáveis dentro da fossa séptica e o crescimento de algas nela são outros problemas.
O lodo que entra no campo de drenagem bloqueia os orifícios de drenagem, o que pode fazer com que o conteúdo da fossa séptica se acumule na casa. Este problema é resolvido bombeando o tanque regularmente.
A entrada de água no campo de drenagem em grandes quantidades em um curto espaço de tempo leva à saturação do campo com águas residuais. Se essa água acumular, pode causar entupimento nas fixações dos tubos. Além disso, a água extra impede que a matéria sólida seja processada, e a matéria sólida pode entupir os tubos de distribuição.
Outra razão para a incapacidade da fossa séptica em processar resíduos sólidos é a adição de vinil, papel e produtos não biodegradáveis à fossa. Esses materiais ocupam o espaço do tanque, fazem com que a água se encha rapidamente e empurram a matéria sólida flutuante para os tubos de distribuição.
A compactação do solo sobre o tanque ocorre quando veículos pesados e equipamentos são colocados nele. Solo compactado causa danos aos componentes do sistema séptico e não permite que o campo de drenagem disperse efluentes facilmente.
Os fosfatos presentes nos detergentes introduzidos na fossa séptica promovem o crescimento de algas que obstruem o sistema de distribuição. Raízes de plantas crescendo perto do tanque podem danificar o tanque, seus tubos e o campo de drenagem.