As duas principais diferenças entre as crenças metodistas e presbiterianas são que os metodistas rejeitam a doutrina calvinista da predestinação enquanto os presbiterianos a aceitam e que a igreja metodista é organizada ao longo das linhas episcopais tradicionais, enquanto os presbiterianos têm seu próprio sistema único de liderança por anciãos (ou "presbíteros"). Caso contrário, essas duas denominações cristãs compartilham muitas das mesmas qualidades.
A aceitação ou rejeição da doutrina calvinista da predestinação é uma diferença fundamental e de longo alcance. Em suma, a doutrina de João Calvino sustenta que apenas certas pessoas estão destinadas à salvação, enquanto o resto está destinado (ou "dedicado" por Deus) à condenação.
Em outras palavras, ao contrário de todas as outras grandes denominações cristãs, os presbiterianos acreditam que Deus selecionou ativamente pessoas para responder ao seu convite de salvação.
A organização do presbiterianismo é outra diferença importante. Os presbíteros são eleitos e ordenados para posições de autoridade entre os leigos. Seu papel é servir aos interesses de sua congregação como parte de um corpo governante, ou "sessão". Quando várias sessões se reúnem para discutir os assuntos da igreja, são chamadas de "presbitério". Coletivamente, vários presbitérios são chamados de "sínodo". Quando se reúnem para discutir assuntos relativos à denominação em geral, os sínodos formam a "Assembleia Geral" Presbiteriana.
