Em setembro de 2015, embora nenhuma reclamação oficial tenha sido registrada no Better Business Bureau, ou BBB, contra o Whitaker Wellness Institute Medical Clinic, Inc., havia inúmeras reclamações de consumidores registradas no National Council Against Health Fraud, ou NCAHF. Essas reclamações incluem a promoção de megavitaminas por Whitaker para usos inadequados e o fato de o Dr. Whitaker, um praticante de medicina alternativa, não ser certificado em medicina preventiva, de acordo com o National Council Against Health Fraud.
Uma reclamação comum contra o Dr. Whitaker é que ele deturpa os pontos de vista da profissão médica em geral, explica o National Council Against Health Fraud. Por exemplo, em seu site DrWhitaker.com, ele descreve as "Três maiores mentiras que a profissão médica diz", incluindo "a doença simplesmente acontece", "pessoas mais velhas sempre têm problemas médicos" e "não há nada que você possa fazer a respeito". Essas afirmações são falsas porque a medicina regular não acredita ou promove essas proposições. Isso é chamado de tática de "espantalho" usada para fazer Whitaker parecer superior a outros médicos.
Outra reclamação contra o Dr. Julian Whitaker é que ele é um promotor da terapia de quelação para doenças vasculares, observa o National Council Against Health Fraud. A terapia de quelação é um processo químico no qual uma solução sintética é injetada na corrente sanguínea para remover metais pesados ou minerais do corpo. Embora aprovada para desintoxicação de metais pesados, a terapia de quelação não é aprovada para doenças vasculares ou qualquer outro problema médico, mas é frequentemente usada pelo Dr. Whitaker.